(1) Genética Marinha, na qual organismos marinhos são usados como modelos para o estudo das forças evolutivas (deriva genética, seleção natural, migração, mutação). As metodologias aplicadas são marcadores moleculares (aloenzimas e DNA) e morfometria e os problemas de interesse envolvem o estudo da variação gênica e estruturação das populações naturais, o processo de adaptação dos organismos, relações evolutivas, taxonomia e sistemática.

(2) Evolução dos Padrões de Biodiversidade, na qual Check-Lists de espécies do presente e inventários de espécies obtidos a partir de vestígios arqueozoológicos do Holoceno são utilizados na modelagem de padrões de biodiversidade ao longo do tempo com o objetivo de compreender processos ecológicos de longa escala temporal (mudanças climáticas, impactos antrópicos, bioinvasões etc.). Nessas duas linhas de pesquisa o objetivo é contribuir com o conhecimento da biodiversidade e, consequentemente, para o manejo e conservação das espécies.

(3) Ensino, na qual as concepções de alunos sobre temas relacionados à teoria evolutiva, genética e concepções de ciência são inventariadas com o objetivo de compreender os processos de significação destes conceitos. São investigados, também, os processos de apreensão e difusão do conhecimento científico em veículos não formais tais como a divulgação científica e os mais diversos aparatos da indústria cultural, com o intuito de desenvolver estratégias de intervenção e uma leitura crítica dos meios de comunicação de massa.

(4) Epistemologia e História das Idéias, na qual a história de conceitos científicos é investigada com vias a criar um ambiente filosófico no qual eles possam ser discutidos e interpretados na sua dialética com os fatores econômicos, históricos e sociais.